该片是《黑客帝国》系列电影的第四部，剧情承接《黑客帝国3：矩阵革命》，失去记忆的尼奥重返矩阵，他将重新认识自己，并带领人类在机器制造的虚拟世界中继续反抗。
故事承接《黑客帝国3：矩阵革命》，尼奥和崔妮蒂将以某种方式复活，继续与机械大军对抗。尼奥失去了记忆，但潜意识中无处不在的“既视感”时刻困扰着他，这使他痛苦万分。尼奥接受了心理医生（尼尔·帕特里克·哈里斯饰）的治疗，向其讲述自己的梦境，随后他服用了一种蓝色药丸。接着，他遇到了一个穿着像墨菲斯的人，墨菲斯给了他一片红药丸。一切都是那么的熟悉但是又无比陌生。时隔二十年，尼奥重返矩阵，这次，面对红蓝药丸，他会做出怎样的选择......
