故事发生在芒山，新官上任三把火，而野狼部队也不例外。杨三接管了部队，却面临着内部混乱。他任命铁牛和孔管家为副司令，却因为队伍不听从命令而手足无措。为了化解危机，杨三不得不提出分享家产，却遭到兄弟们的拒绝，一场混乱后队伍一哄而散，杨三束手无策。
在这混乱的时刻，指导员决定改造杨三，派遣狗剩进行工作。狗剩却因信心不足而推辞，而宋玉桃对狗剩关爱有加。在一次误会之下，宋玉桃意外表白，让狗剩感到十分尴尬。唐玉龙为了解决内部矛盾，决定派狗剩和宋玉桃去芒山做思想工作。狗剩虽然不情愿，最终还是妥协。
在芒山，狗剩和宋玉桃面临生死考验，最终加入了共产党。指导员任命他们为排长，但杨三的队伍面临招兵买马的困境。铁牛的招兵计划屡屡受挫，只能收编了一个年轻但残疾的新兵。
为解决内部问题，狗剩和宋玉桃接到任务去做杨三的工作。然而，杨三面临巨大困境，队伍不服从命令，茅草屋成为他的新住处。狗剩提出花钱征兵，成功吸引了一批新兵，令杨三乐不可支。
但新问题接踵而至，队伍缺少武器弹药。狗剩建议找德国朋友购买，却面临杨三财政困难的事实。为了解决这个难题，狗剩提议筹集资金，而日军的围剿计划也让局势变得更加紧迫。
《野狼部队的七十二变》，一场混乱中的成长故事，充满了独特的喜剧元素和生动的人物描写，让观众一边笑一边思考战争时期的艰难处境。
