在橘子群岛一带旅行的小智等人，某日在乘船时意外被暴风雨吹至当中的一个岛屿-亚西亚岛，当地适逢庆典，他们结识少女芙芦拉等居民，并得知流传岛上的古老传说。 就在同时，贪婪的收藏家吉尔露太，为了满足自己的收藏欲望，捕捉了传说中神圣不可侵犯的的火焰鸟与闪电鸟，甚至想进一步捕捉急冻鸟，以引出传说中的海之神 -洛奇亚，致使传说成真，各处气候变异、世界步向毁灭，小智决定挺身而出前往化解危机....
