一群杀手悄然潜伏在紫禁城，他们注视着熹宗帝和他的随从们，剑已出鞘，随时准备行动。突如其来的暴雨打断了这一切，迫使熹宗帝改变了行程，匆匆返回宫中。大太监魏忠贤和奉圣夫人客巴巴则心情沮丧地相视无言。
魏忠贤来到东厂，将同党齐文林杀害并示众。刑部给事中钱嘉义带领手下成功将齐文林的尸体夺回，并怒气冲冲地向左都御史杨链和刑部尚书王大人汇报。杨链和王大人决心联合文武百官上书，要求废除魏忠贤。
京郊的“忠字门”暗杀小组密谋展开秘密行动。在街头，东林党人发现刑部大臣王大人遭到暗杀，钱嘉义封锁现场，但很快被东厂镇抚司许显屯赶走。在王大人府上，东林党人集体祭奠，怒斥东厂的无法无天。他们请求左都御史杨链出面制止魏忠贤，否则他们中的下一个将会是谁。
在瑞王府，信王向杨链介绍了他的计划，希望三位王爷能出面阻止魏忠贤。然而，三位王爷由于五年前参与废太子事件而备受皇上疏远，他们拒绝了信王的请求。
信王不灰心，与杨链商议后决定联络皇后。他们与周妃一同去见张皇后，张皇后对魏忠贤的嚣张行径深感担忧，同意与皇帝商议限制他的权力。
回到紫禁城，魏忠贤得知皇后和信王的行动，心中不安。他意识到，尽管皇帝对他有信任，但皇后的影响力不容小觑，特别是她怀了身孕。
张皇后将东林党的折子交给熹宗帝，希望他能采纳他们的建议。然而，熹宗帝对此并不以为然，他尽管心疼皇后的担忧，却仍信任魏忠贤的能力。小灵儿偷听了皇后劝谕皇帝的话，传达给了魏忠贤，使他对自己的处境感到警觉。
在新任刑部大臣人选上，魏忠贤与东林党展开激烈辩论。最终，他建议由皇帝亲自定夺。
魏忠贤为熹宗帝准备了一件上好的紫檀木，但皇帝却对此不感兴趣，他要求审阅刑部尚书王大人被杀的案卷。魏忠贤惊恐地看着皇帝细读案卷，感受到了危机。
皇帝的态度让东林党人振奋不已。他们决定利用这个机会，与阉党展开决死搏斗。杨链带着钱嘉义前往信王府商议，他们决定找辽东总兵熊延弼一同弹劾魏忠贤。
然而，杨链的生命受到了威胁。他孤身一人踏上必死的旅程，但钱嘉义不甘心放弃，紧随其后。他们身后，蒙面杀手一直在跟踪。
在京郊的一座神秘大宅院，忠字门杀手组织正在进行训练。三名成员试图逃脱，却被队友追杀至死。意外的客人到访，带来了杨链的死亡命令……
这段风云变幻的明朝紫禁城内的权力斗争和阴谋，影响着每一个角落的人们，剧情如同大风暴中的一根细线，紧紧地联系在一起。
