申军谊的第一任妻子詹燕妮毕业于北京电影学院业余表演班，是一位高级工程师的独生女儿。两人于1986年圣诞节结婚，后离异，女儿被前妻带走了，但申军谊很感激前妻。
1992年申军谊与比自己小12岁的著名演员贾妮一起生活了八年，但两人却在2000年连朋友们都不知晓的情况下分手了。然而，两人毕竟是缘分尽了。分手后不到半年，贾妮赌气嫁给了申军谊的铁哥们。后来，申军谊一直孤单一人。
除此之外，申军谊还喜欢玩越野车和打篮球。
